การเก็บภาษีร้านค้าออนไลน์อาจเพิ่มต้นทุนให้แก่ผู้ขายออนไลน์ โดยเฉพาะผู้ขายรายย่อยที่ยังไม่ได้จดทะเบียนธุรกิจอย่างเป็นทางการ แต่ในทางกลับกัน การจดทะเบียนและการเสียภาษีอย่างถูกต้องยังสามารถเพิ่มความน่าเชื่อถือให้แก่ธุรกิจ สร้างความมั่นใจให้แก่ลูกค้า และสามารถขอสินเชื่อจากสถาบันการเงินได้ง่ายขึ้น

     นอกจากนี้ การเก็บภาษีร้านค้าออนไลน์ยังมีความท้าทายในการติดตามและตรวจสอบรายได้ เนื่องจากธุรกรรมส่วนใหญ่เกิดขึ้นในรูปแบบดิจิทัลและมักไม่มีหลักฐานการซื้อขายแบบชัดเจน ซึ่งทำให้ภาครัฐต้องปรับปรุงระบบเทคโนโลยีและสร้างเครื่องมือที่สามารถตรวจสอบรายได้ของผู้ขายออนไลน์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ